| 2001-2018定醫呼吸道病毒分離前五大基因型 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1年 |
| 2001-2019年腸病毒分離前五大基因 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1年 |
| 2015到2023年非傷寒沙門氏菌臨床菌株血清型對應重要抗生素抗藥性監測資料 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1年 |
| 2016-2017年國內流感定序統計表 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1年 |
| 2016-2017年腸病毒統計 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1年 |
| 2016年NPEV腸病毒統計表 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 不定期更新 |
| 2016年國內腸病毒EVD68統計表 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 不定期更新 |
| 2016年病原微生物基因資料庫腸病毒/流感序列流病資料表 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 不定期更新 |
| 2017年病原微生物基因資料庫腸病毒/流感序列流病資料表 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 不定期更新 |
| 2019-2023年各縣市各月份抗蛇毒血清購買量 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1年 |
| 健保門診及住院就診人次統計-COVID-19 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每7日 |
| 健保門診及住院就診人次統計-其他肺炎 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1日 |
| 健保門診及住院就診人次統計-急性上呼吸道感染 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1日 |
| 健保門診及住院就診人次統計-手足口病 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1日 |
| 健保門診及住院就診人次統計-水痘 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1日 |
| 健保門診及住院就診人次統計-流感及其所致肺炎 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1日 |
| 健保門診及住院就診人次統計-猩紅熱 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1日 |
| 健保門診及住院就診人次統計-疱疹性咽峽炎 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1日 |
| 健保門診及住院就診人次統計-腸病毒 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1日 |
| 健保門診及住院就診人次統計-腹瀉 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1日 |
| 健保門診及住院就診人次統計-類流感 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1日 |
| 全國BSL-2及以上等級實驗室數統計表 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 不定期更新 |
| 全國保存或使用RG2病原體之實驗室數統計表及病原體清單 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1年 |
| 全國保存或使用RG3病原體之實驗室數統計表及病原體清單 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1年 |
| 全國保存或使用生物毒素之實驗室數統計及生物毒素清單 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 不定期更新 |
| 全國已核定生物安全管理組織之設置單位家數統計 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1年 |
| 加護病房侵入性導管相關感染密度與導管使用比率資料 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1年 |
| 加護病房種類別醫療照護相關感染密度資料 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1年 |
| 加護病房醫療照護相關感染個案侵入性導管相關比率資料 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1年 |
| 加護病房醫療照護相關感染部位別感染密度資料 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1年 |
| 各項預防接種完成率統計 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1年 |
| 各項預防接種工作量統計 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1年 |
| 國際旅遊疫情建議等級表 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1日 |
| 國際旅遊處方箋網頁內容 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1月 |
| 國際重要疫情資訊 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1日 |
| 急診傳染病監測統計-COVID-19 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每7日 |
| 急診傳染病監測統計-急性腹瀉 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每7日 |
| 急診傳染病監測統計-手足口病 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1日 |
| 急診傳染病監測統計-疱疹性咽峽炎 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1日 |
| 急診傳染病監測統計-紅眼症 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1日 |
| 急診傳染病監測統計-腸病毒 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1日 |
| 急診傳染病監測統計-類流感 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1日 |
| 抗藥性監測通報之抗生素敏感性統計資料分析 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1年 |
| 抗蛇毒血清儲備點查詢 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 不定期更新 |
| 旅遊醫學合約醫院列表 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1月 |
| 旅遊醫學合約醫院門診服務時間表 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1月 |
| 生物材料庫貯存現況 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1年 |
| 生物材料庫貯存病毒細菌株現況等級 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1年 |
| 疫苗基金決算書(審定本) | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1年 |
| 疫苗基金預算書(立法院審定) | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1年 |
| 疫苗基金預算書(預算案) | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1年 |
| 疾病管制署公務會計報告 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1月 |
| 疾病管制署公務決算書(審定本) | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 不定期更新 |
| 疾病管制署公務預算(預算案) | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1年 |
| 疾病管制署公務預算書(法定預算) | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1年 |
| 疾病管制署疫苗基金季報補捐助款 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 不定期更新 |
| 登革熱NS1快篩試劑配置醫療院所 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 不定期更新 |
| 登革熱病媒蚊調查資料 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1日 |
| 結核病-多重抗藥結核病個案數統計 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1年 |
| 結核病-山地鄉新案發生情形統計 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1年 |
| 結核病-新案發生數統計(縣市別、性別、年齡別) | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1年 |
| 結核病-新案發生數統計(鄉鎮別) | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1年 |
| 結核病-新案發生率 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1年 |
| 結核病-死亡統計 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1年 |
| 結核病-每日疫情指標綜覽 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1日 |
| 結核病-每日追蹤管理中個案統計 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1日 |
| 結核病-治療成功率統計 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1年 |
| 近12個月登革熱病媒蚊調查資料 | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1日 |
| 預防接種受害救濟基金決算書(審定本) | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1年 |
| 預防接種受害救濟基金預算書(立法院審定) | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1年 |
| 預防接種受害救濟基金預算書(預算案) | 官方頁 | 政府資料開放授權條款-第1版 | 每1年 |